当涉及到工程预付款的计算时，有一个明确的规定需要遵守：暂列金额不计入预付款基数。暂列金额是业主预留的应急资金，用于处理工程变更或索赔，本质上并不构成工程实体费用。预付款主要用于承包商购买材料，保障其资金流，这部分款项在后期会根据实际回收情况进行扣除。与之不同的是，措施预付款，如安全文明施工费，这部分属于工程款项，不会在预付款中扣除，只会作为尾款结算。
材料预付款不受支付比例，即使每次结算按照90%的比例，预付款的扣还也是按实际数额进行。而措施预付款中的10%通常会包含工程质保金，这部分在工程竣工后会扣除。工程预付款的扣还计算涉及到一个起扣点的概念，通常当已完成工程的价值超过未完成工程所需材料价值（等于预付备料款）时，预付款开始抵扣。具体计算公式和步骤见相关参考资料，如百度百科对于工程预付款和暂列金额的详细解释。