当房贷还款日账户余额不足，但随后立即存入资金，银行是否会进行第二次扣款的问题，答案是取决于银行的系统处理方式。通常，如果系统允许，银行会在贷款扣款日当天进行自动补扣，只要款项在当天内存入。然而，对于公积金贷款、逾期90天以上的贷款，或者某些贷款公司的代扣款项，可能不支持当天补扣，需要额外关注还款规定。
银行在发放贷款后，会根据合同办理房地产抵押登记和公证。贷款资金会直接划入房屋买卖合同指定的售房单位账户。还款时，个人需要遵守诚实信用原则，按时足额还款，否则可能会影响个人信用记录，对今后的银行业务产生影响。
在选择还款方式时，有等额本息和等额本金两种，前者每月偿还固定金额，适合收入稳定的家庭，后者初期还款较多但后期逐渐减少，适合还款能力较强的借款人。利用住房公积金偿还房贷，由于利息较低，可以有效减轻月供压力，并降低总贷款支出。
总的来说，及时还款、合理选择还款方式，并充分利用住房公积金，是确保房贷顺利进行的关键。对于具体的扣款，建议直接咨询银行以获取最新信息。