该用人单位规定离职3个月后才支付工资是违法的。劳动者辞职，用人单位应在解除劳动合同时一次性支付劳动者的全部工资。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。