房屋他项权证丢失的处理是：申请人到房屋交易主管部门提交申请，说明房屋他项权证丢失损毁的事实情况，主管部门审核通过后开具登报遗失证明，房屋他项权证的补办程序和房屋所有权证的补办程序相同。
《民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。